- 从头实现 K-Means、DBSCAN 和高斯混合模型,并比较它们的聚类行为
- 使用轮廓分数(silhouette score)和肘部法选择最优 K,评估聚类质量
- 解释 DBSCAN 何时优于 K-Means,并判断哪种算法能处理非球形簇和异常值
- 用聚类方法构建异常检测 pipeline,标记偏离正常模式的点
问题
到目前为止,每节 ML 课都假设数据有标签:“这是输入,这是正确输出。” 但在现实世界中,标签很昂贵。医院有数百万份病历,但没人手动给每个病例打上疾病分类标签;电商网站有数百万次用户会话,但没人手动标注客户细分;安全团队有网络日志,但没人标记每一次异常。
无监督学习无需被告知该找什么,就能发现模式。它将相似的数据点分组,挖掘隐藏结构,并暴露异常值。如果说监督学习是拿着带答案的教科书学习,那么无监督学习就是盯着原始数据,直到模式自己浮现。
问题在于:没有标签,你就无法直接衡量“对”或“错”。你需要不同的工具来判断算法发现的结构是否有意义。
概念
聚类:把相似的东西归到一起
聚类将每个数据点分配到一个组(簇),使同一组内的点彼此比与其他组的点更相似。问题始终是:“相似”意味着什么?
flowchart LR
A[Raw Data] --> B{Choose Method}
B --> C[K-Means]
B --> D[DBSCAN]
B --> E[Hierarchical]
B --> F[GMM]
C --> G[Flat, spherical clusters]
D --> H[Arbitrary shapes, noise detection]
E --> I[Tree of nested clusters]
F --> J[Soft assignments, elliptical clusters]K-Means:主力军
K-Means 将数据划分为恰好 K 个簇。每个簇有一个质心(簇的质量中心),每个点属于最近的质心。
Lloyd 算法:
- 随机选 K 个点作为初始质心
- 将每个数据点分配到最近的质心
- 将每个质心重新计算为其分配点的均值
- 重复步骤 2-3,直到分配不再变化
目标函数(inertia,惯性)衡量每个点到其质心的平方距离之和。K-Means 最小化它,但只能找到局部最小值。不同的初始化可能产生不同结果。
选择 K
两种标准方法:
肘部法: 对 K = 1, 2, 3, \ldots, n 分别运行 K-Means,绘制 inertia 随 K 变化的曲线,寻找“肘部”——即增加簇数后 inertia 不再显著下降的位置。
轮廓分数: 对每个点,衡量它与所属簇的相似度(a)与离它最近的其他簇的相似度(b)。轮廓系数为 (b - a) / \max(a, b),取值从 -1(分错簇)到 +1(聚类良好)。对所有点取平均得到全局分数。
DBSCAN:基于密度的聚类
K-Means 假设簇是球形的,并且需要预先指定 K。DBSCAN 不做这两个假设。它将簇视为被稀疏区域隔开的密集区域。
两个参数:
- eps:邻域半径
- min_samples:形成密集区域所需的最少点数
三类点:
- 核心点:在 eps 距离内至少有 min_samples 个点
- 边界点:在核心点的 eps 范围内,但自身不是核心点
- 噪声点:既不是核心点也不是边界点,即异常值
DBSCAN 将彼此在 eps 范围内的核心点连接成同一个簇,边界点加入附近核心点所在的簇,噪声点不属于任何簇。
优点:能发现任意形状的簇、自动确定簇数量、识别异常值。缺点:在簇密度差异大时表现不佳。
层次聚类
层次聚类构建一棵嵌套簇的树(树状图,dendrogram)。
凝聚式(自底向上):
- 开始时每个点自成一个簇
- 合并最近的两个簇
- 重复直到只剩一个簇
- 在所需层级切断树状图,得到 K 个簇
簇之间的“距离”可以定义为:
- 单链接(single linkage):两个簇中任意两点间的最小距离
- 全链接(complete linkage):任意两点间的最大距离
- 平均链接(average linkage):所有点对之间的平均距离
- Ward 法:使合并后簇内总方差增加最小的合并方式
高斯混合模型(GMM)
K-Means 给出硬分配:每个点恰好属于一个簇。GMM 给出软分配:每个点属于每个簇都有一定的概率。
GMM 假设数据由 K 个高斯分布混合生成,每个高斯有自己的均值和协方差。期望最大化(EM)算法在以下两步间交替:
- E 步:计算每个点属于每个高斯的概率
- M 步:更新每个高斯的均值、协方差和混合权重,以最大化数据的似然
GMM 能建模椭圆形簇(不像 K-Means 只限球形),并能自然处理重叠簇。
该用哪种
| 方法 | 最适合 | 避免使用的情况 |
|---|---|---|
| K-Means | 大数据集、球形簇、已知 K | 不规则形状、存在异常值 |
| DBSCAN | 未知 K、任意形状、异常检测 | 密度差异大、维度很高 |
| 层次聚类 | 小数据集、需要树状图、未知 K | 大数据集(O(n^2) 内存) |
| GMM | 重叠簇、需要软分配 | 超大数据集、维度过高 |
用聚类做异常检测
聚类天然支持异常检测:
- K-Means:离任何质心都很远的点是异常
- DBSCAN:噪声点按定义就是异常
- GMM:在所有高斯分布下概率都很低的点是异常
构建它
第 1 步:从头实现 K-Means
pythonimport math
import random
def euclidean_distance(a, b):
return math.sqrt(sum((ai - bi) ** 2 for ai, bi in zip(a, b)))
def kmeans(data, k, max_iterations=100, seed=42):
random.seed(seed)
n_features = len(data[0])
centroids = random.sample(data, k)
for iteration in range(max_iterations):
clusters = [[] for _ in range(k)]
assignments = []
for point in data:
distances = [euclidean_distance(point, c) for c in centroids]
nearest = distances.index(min(distances))
clusters[nearest].append(point)
assignments.append(nearest)
new_centroids = []
for cluster in clusters:
if len(cluster) == 0:
new_centroids.append(random.choice(data))
continue
centroid = [
sum(point[j] for point in cluster) / len(cluster)
for j in range(n_features)
]
new_centroids.append(centroid)
if all(
euclidean_distance(old, new) < 1e-6
for old, new in zip(centroids, new_centroids)
):
print(f" Converged at iteration {iteration + 1}")
break
centroids = new_centroids
return assignments, centroids第 2 步:肘部法与轮廓分数
pythondef compute_inertia(data, assignments, centroids):
total = 0.0
for point, cluster_id in zip(data, assignments):
total += euclidean_distance(point, centroids[cluster_id]) ** 2
return total
def silhouette_score(data, assignments):
n = len(data)
if n < 2:
return 0.0
clusters = {}
for i, c in enumerate(assignments):
clusters.setdefault(c, []).append(i)
if len(clusters) < 2:
return 0.0
scores = []
for i in range(n):
own_cluster = assignments[i]
own_members = [j for j in clusters[own_cluster] if j != i]
if len(own_members) == 0:
scores.append(0.0)
continue
a = sum(euclidean_distance(data[i], data[j]) for j in own_members) / len(own_members)
b = float("inf")
for cluster_id, members in clusters.items():
if cluster_id == own_cluster:
continue
avg_dist = sum(euclidean_distance(data[i], data[j]) for j in members) / len(members)
b = min(b, avg_dist)
if max(a, b) == 0:
scores.append(0.0)
else:
scores.append((b - a) / max(a, b))
return sum(scores) / len(scores)
def find_best_k(data, max_k=10):
print("Elbow method:")
inertias = []
for k in range(1, max_k + 1):
assignments, centroids = kmeans(data, k)
inertia = compute_inertia(data, assignments, centroids)
inertias.append(inertia)
print(f" K={k}: inertia={inertia:.2f}")
print("\nSilhouette scores:")
for k in range(2, max_k + 1):
assignments, centroids = kmeans(data, k)
score = silhouette_score(data, assignments)
print(f" K={k}: silhouette={score:.4f}")
return inertias第 3 步:从头实现 DBSCAN
pythondef dbscan(data, eps, min_samples):
n = len(data)
labels = [-1] * n
cluster_id = 0
def region_query(point_idx):
neighbors = []
for i in range(n):
if euclidean_distance(data[point_idx], data[i]) <= eps:
neighbors.append(i)
return neighbors
visited = [False] * n
for i in range(n):
if visited[i]:
continue
visited[i] = True
neighbors = region_query(i)
if len(neighbors) < min_samples:
labels[i] = -1
continue
labels[i] = cluster_id
seed_set = list(neighbors)
seed_set.remove(i)
j = 0
while j < len(seed_set):
q = seed_set[j]
if not visited[q]:
visited[q] = True
q_neighbors = region_query(q)
if len(q_neighbors) >= min_samples:
for nb in q_neighbors:
if nb not in seed_set:
seed_set.append(nb)
if labels[q] == -1:
labels[q] = cluster_id
j += 1
cluster_id += 1
return labels第 4 步:高斯混合模型(EM 算法)
pythondef gmm(data, k, max_iterations=100, seed=42):
random.seed(seed)
n = len(data)
d = len(data[0])
indices = random.sample(range(n), k)
means = [list(data[i]) for i in indices]
variances = [1.0] * k
weights = [1.0 / k] * k
def gaussian_pdf(x, mean, variance):
d = len(x)
coeff = 1.0 / ((2 * math.pi * variance) ** (d / 2))
exponent = -sum((xi - mi) ** 2 for xi, mi in zip(x, mean)) / (2 * variance)
return coeff * math.exp(max(exponent, -500))
for iteration in range(max_iterations):
responsibilities = []
for i in range(n):
probs = []
for j in range(k):
probs.append(weights[j] * gaussian_pdf(data[i], means[j], variances[j]))
total = sum(probs)
if total == 0:
total = 1e-300
responsibilities.append([p / total for p in probs])
old_means = [list(m) for m in means]
for j in range(k):
r_sum = sum(responsibilities[i][j] for i in range(n))
if r_sum < 1e-10:
continue
weights[j] = r_sum / n
for dim in range(d):
means[j][dim] = sum(
responsibilities[i][j] * data[i][dim] for i in range(n)
) / r_sum
variances[j] = sum(
responsibilities[i][j]
* sum((data[i][dim] - means[j][dim]) ** 2 for dim in range(d))
for i in range(n)
) / (r_sum * d)
variances[j] = max(variances[j], 1e-6)
shift = sum(
euclidean_distance(old_means[j], means[j]) for j in range(k)
)
if shift < 1e-6:
print(f" GMM converged at iteration {iteration + 1}")
break
assignments = []
for i in range(n):
assignments.append(responsibilities[i].index(max(responsibilities[i])))
return assignments, means, weights, responsibilities第 5 步:生成测试数据并运行所有算法
pythondef make_blobs(centers, n_per_cluster=50, spread=0.5, seed=42):
random.seed(seed)
data = []
true_labels = []
for label, (cx, cy) in enumerate(centers):
for _ in range(n_per_cluster):
x = cx + random.gauss(0, spread)
y = cy + random.gauss(0, spread)
data.append([x, y])
true_labels.append(label)
return data, true_labels
def make_moons(n_samples=200, noise=0.1, seed=42):
random.seed(seed)
data = []
labels = []
n_half = n_samples // 2
for i in range(n_half):
angle = math.pi * i / n_half
x = math.cos(angle) + random.gauss(0, noise)
y = math.sin(angle) + random.gauss(0, noise)
data.append([x, y])
labels.append(0)
for i in range(n_half):
angle = math.pi * i / n_half
x = 1 - math.cos(angle) + random.gauss(0, noise)
y = 1 - math.sin(angle) - 0.5 + random.gauss(0, noise)
data.append([x, y])
labels.append(1)
return data, labels
if __name__ == "__main__":
centers = [[2, 2], [8, 3], [5, 8]]
data, true_labels = make_blobs(centers, n_per_cluster=50, spread=0.8)
print("=== K-Means on 3 blobs ===")
assignments, centroids = kmeans(data, k=3)
print(f" Centroids: {[[round(c, 2) for c in cent] for cent in centroids]}")
sil = silhouette_score(data, assignments)
print(f" Silhouette score: {sil:.4f}")
print("\n=== Elbow Method ===")
find_best_k(data, max_k=6)
print("\n=== DBSCAN on 3 blobs ===")
db_labels = dbscan(data, eps=1.5, min_samples=5)
n_clusters = len(set(db_labels) - {-1})
n_noise = db_labels.count(-1)
print(f" Found {n_clusters} clusters, {n_noise} noise points")
print("\n=== GMM on 3 blobs ===")
gmm_assignments, gmm_means, gmm_weights, _ = gmm(data, k=3)
print(f" Means: {[[round(m, 2) for m in mean] for mean in gmm_means]}")
print(f" Weights: {[round(w, 3) for w in gmm_weights]}")
gmm_sil = silhouette_score(data, gmm_assignments)
print(f" Silhouette score: {gmm_sil:.4f}")
print("\n=== DBSCAN on moons (non-spherical clusters) ===")
moon_data, moon_labels = make_moons(n_samples=200, noise=0.1)
moon_db = dbscan(moon_data, eps=0.3, min_samples=5)
n_moon_clusters = len(set(moon_db) - {-1})
n_moon_noise = moon_db.count(-1)
print(f" Found {n_moon_clusters} clusters, {n_moon_noise} noise points")
print("\n=== K-Means on moons (will fail to separate) ===")
moon_km, moon_centroids = kmeans(moon_data, k=2)
moon_sil = silhouette_score(moon_data, moon_km)
print(f" Silhouette score: {moon_sil:.4f}")
print(" K-Means splits moons poorly because they are not spherical")
print("\n=== Anomaly detection with DBSCAN ===")
anomaly_data = list(data)
anomaly_data.append([20.0, 20.0])
anomaly_data.append([-5.0, -5.0])
anomaly_data.append([15.0, 0.0])
anomaly_labels = dbscan(anomaly_data, eps=1.5, min_samples=5)
anomalies = [
anomaly_data[i]
for i in range(len(anomaly_labels))
if anomaly_labels[i] == -1
]
print(f" Detected {len(anomalies)} anomalies")
for a in anomalies[-3:]:
print(f" Point {[round(v, 2) for v in a]}")使用它
在 scikit-learn 中,这些算法只需一行代码:
pythonfrom sklearn.cluster import KMeans, DBSCAN, AgglomerativeClustering
from sklearn.mixture import GaussianMixture
from sklearn.metrics import silhouette_score as sklearn_silhouette
km = KMeans(n_clusters=3, random_state=42).fit(data)
db = DBSCAN(eps=1.5, min_samples=5).fit(data)
agg = AgglomerativeClustering(n_clusters=3).fit(data)
gmm_model = GaussianMixture(n_components=3, random_state=42).fit(data)从零实现的版本让你清楚这些库到底在算什么:K-Means 在分配与重新计算之间迭代,DBSCAN 从密集种子扩展簇,GMM 在期望步与最大化步之间交替。库版本增加了数值稳定性、更聪明的初始化(K-Means++)和 GPU 加速,但核心逻辑相同。
交付它
本节课产出了 K-Means、DBSCAN 和 GMM 的可用从零实现。这些聚类代码可以作为更高级无监督方法的基础。
练习
- 实现 K-Means++ 初始化:先随机选第一个质心,之后每个质心以到最近已有质心平方距离成正比的概率被选中。比较其与随机初始化的收敛速度。
- 在代码中加入层次凝聚聚类。实现 Ward 链接并生成树状图(用嵌套合并列表表示)。在不同层级切断,并与 K-Means 结果比较。
- 构建一个简单的异常检测 pipeline:在同一数据上运行 DBSCAN 和 GMM,将两种方法都判定为异常的点标记为异常(DBSCAN 中的噪声、GMM 中的低概率点)。测量两者的重叠率,并讨论它们何时会不一致。
关键术语
| 术语 | 俗称 | 实际含义 |
|---|---|---|
| 聚类 | “把相似的东西分组” | 将数据划分为若干子集,使组内相似度高于组间相似度,具体由某种距离度量定义 |
| 质心 | “簇的中心” | 分配给某簇的所有点的均值;K-Means 用它作为簇的代表 |
| 惯性 | “簇有多紧” | 每个点到其质心的平方距离之和;越小越紧凑 |
| 轮廓分数 | “簇分离得有多好” | 对每个点计算 (b - a) / \max(a, b),其中 a 是簇内平均距离,b 是最近其他簇的平均距离 |
| 核心点 | “密集区域的点” | DBSCAN 中在 eps 距离内至少有 min_samples 个邻居的点 |
| EM 算法 | “软 K-Means” | 期望最大化:迭代计算成员概率(E 步)并更新分布参数(M 步) |
| 树状图 | “簇的树” | 展示层次聚类中簇合并顺序与距离的树形图 |
| 异常 | “离群点” | 不符合预期模式的数据点,DBSCAN 将其标为噪声,GMM 赋予其低概率 |
延伸阅读
- Stanford CS229 - Unsupervised Learning —— Andrew Ng 关于聚类与 EM 的讲义
- scikit-learn 聚类指南 —— 带可视化示例的各种聚类算法实用对比
- DBSCAN 原始论文(Ester et al., 1996) —— 引入基于密度聚类的论文